इसका पूर्वानुमान लगाना कठिन है कि जलवायु और वायुमंडलीय रसायन में होने वाले परिवर्तन कृषि रोगों की व्यापकता और सांघातिकता को किस प्रकार प्रभावित करेंगे। लेकिन एक खतरा यह है, कि ऐसे परिवर्तन कुछ पादप संक्रमणों को सभी जलवायु क्षेत्रों में, संभवतः इस प्रकार एक अनर्थकर रूप में, अधिक आम बना देंगे। इस समस्या का एक भाग यह है, कि शताब्दियों से अपनाए गए चयनात्मक प्रजनन से उच्च-मूल्य वाली फ़सलों के वंश-सूत्र (जीनोम) परिष्कृत हुए हैं। वे आज की दशाओं में उपजने में शानदार हैं, किंतु जो जननिक रूपांतरण उनके लिए तुरंत उपयोगी नहीं हैं, वे प्रजनन से बाहर हो गए हैं। यह उपज के लिए उत्तम है, किंतु परिवर्तनों का सामना करने के लिए निकृष्ट है। एक साधारण बीमारी या कोई अज्ञात बीमारी भी आनुवंशिकतः संशोधित (जेनेटिकली होण्ड) फ़सलों को तुरंत तहस-नहस कर सकती है।